Το πρόγραμμα αρθρώνεται σε τρία μέρη:

Α) Στο πρώτο μέρος οι επιμορφούμενοι εφοδιάζονται με ένα βασικό εννοιολογικό οπλοστάσιο το οποίο τους επιτρέπει να αποκτήσουν μια στέρεη θεωρητική κατανόηση των σύγχρονων αρχών και του ρόλου της εκπαιδευτικής διοίκησης και ηγεσίας.

Β) Στο δεύτερο μέρος οι επιμορφούμενοι έρχονται σε επαφή με κρίσιμες στρατηγικές και μεθόδους για την αποτελεσματική διοίκηση των σχολικών μονάδων όπως είναι η προώθηση καινοτομιών και μεταρρυθμίσεων, η διαχείριση των συναισθημάτων και των σχέσεων, η διοίκηση του ταλέντου, η επικοινωνία και η διαχείριση συγκρούσεων και η ανάδειξη της υπευθυνότητας και των ηθικών διαστάσεων στο ρόλο των διοικητικών στελεχών της εκπαίδευσης.

Γ) Στο τρίτο και τελευταίο μέρος του προγράμματος οι επιμορφούμενοι καταρτίζονται σε ειδικότερα θέματα που άπτονται των καθηκόντων της εκπαιδευτικής διοίκησης όπως είναι η επαγγελματική ανάπτυξη του εκπαιδευτικού προσωπικού, η οργάνωση ενδοσχολικών και εξωσχολικών δράσεων, η διαχείριση των σχέσεων σχολείου-οικογένειας, οι τρόποι αντιμετώπισης του φαινομένου του σχολικού εκφοβισμού, η διαχείριση προβλημάτων συμπεριφοράς στις σχολικές τάξεις ή η διευκόλυνση της ομαλής μετάβασης των μαθητών από την πρωτοβάθμια στη δευτεροβάθμια εκπαίδευση.